Nel febbraio del 1849 Leopoldo II° dovette lasciare la Toscana al triumvirato formato da Montanelli, Guerrazzi, Mazzoni. Due mesi dopo gli austriaci lo rimisero sul trono e questa volta fu accolto con freddezza dai suoi sudditi che gli rimproverarono di aver portato con sé l’esercito austriaco. Per la verità fu Vienna a costringerlo a tenere e mantenere numerosi soldati a Firenze e guarnigioni in quasi tutte le città del Granducato; inoltre, lo obbligò a revocare la costituzione inimicandosi così quei fiorentini che prima avevano collaborato con lui.
Nell'aprile del 1859 una grande manifestazione popolare, guidata dal mazziniano Giuseppe Dolfi, convinse Leopoldo II° ad abbandonare Firenze. Il Granducato rimase in mano ai moderati che elessero capo del Governo provvisorio Bettino Ricasoli. Nel marzo del 1860 la Toscana votava con 366.571 voti contro 19.869 l’annessione al Regno d’Italia.
L'unità d'Italia portò nuovi ed impellenti problemi: l'unificazione legislativa, amministrativa e doganale, la formazione di un esercito nazionale; l'ampliamento della rete stradale e ferroviaria; la preparazione di un efficiente sistema scolastico... un programma pesante che non consentiva opere di bonifica.
Solo nel 1884, in seguito ad un’ inchiesta promossa da Stefano Joncini, il parlamento prese in esame le paludi maremmane ed in breve tempo deliberò di continuare l'opera iniziata in precedenza. La migliore conoscenza del problema ed i più validi mezzi approntati della tecnica, fecero sì che, passato qualche decennio, le paludi della Toscana fossero tutte risanate.
Nel frattempo Charles-Louis-Alphonse Laveran aveva scoperto la natura parassitaria della malaria dimostrando che la malattia viene trasmessa dalla zanzara Anopheles la quale si moltiplica depositando le uova nelle acque palustri. Conosciuta la causa, poté essere adottata la difesa: meccanica con l'applicazione di reti a porte e finestre, con l'uso di zanzariere, con la distruzione delle larve immettendo pesci larvifagi nelle acque; prevenendo e curando la malattia con l'ingestione del chinino.